ការវិភាគទិន្នន័យសាធារណៈ
ទិន្នន័យអំពីត្រកូល SARS-CoV-2 និងកាលបរិច្ឆេទដែលគំរូត្រូវបានយកចេញពីលំដាប់ដែលមានពីប្រទេសឈីលី ទទួលបានពីគេហទំព័រ Consorcio Genomas CoV2 ដែលមាននៅ https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. ទិន្នន័យការចាក់ថ្នាំបង្ការត្រូវបានទទួលពីទិន្នន័យសាធារណៈពីក្រសួងវិទ្យាសាស្ត្រ បច្ចេកវិទ្យា ចំណេះដឹង និងនវានុវត្តន៍ ដែលមាននៅ https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (ផលិតផល 83) ។
ការវិភាគការឆ្លង
មេរោគ Pseudotyped ដែលផ្ទុកប្រូតេអ៊ីន SARS-CoV-2 ផ្សេងគ្នាត្រូវបានរៀបចំដូចដែលយើងបានពិពណ៌នាពីមុន12. ដោយសង្ខេប មេរោគ SARS-CoV-1 pseudotypes ដែលមានមូលដ្ឋានលើមេរោគអេដស៍-2 ត្រូវបានផលិតនៅក្នុងកោសិកា HEK293T ដោយចម្លង pNL4.3-ΔEnv-Luc រួមជាមួយនឹងវ៉ិចទ័រកូដ pCDNA-SARS-CoV-2 Spike ដែលត្រូវគ្នាក្នុងសមាមាត្រ 1: 1 ។ Plasmids សរសេរកូដ codon-optimized spike ខ្វះអាស៊ីតអាមីណូ 19 ចុងក្រោយនៃ C-terminal end (SΔ19) ដែលគេស្គាល់ថាជៀសវាងការរក្សានៅ reticulum endoplasmic12 ត្រូវបានទទួលដោយការសំយោគហ្សែន ឬការផ្លាស់ប្តូរតាមគេហទំព័រតាមបំណង (GeneScript) ហើយមានការផ្លាស់ប្តូរដូចខាងក្រោមៈ ពូជពង្ស A (លំដាប់យោង) ពូជពង្ស B (D614G) ពូជពង្ស B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), ត្រកូល P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027G37Y), ខ្សែ T75G76I, T246 ៤៦- 252, L452Q, F490S, D614G, T859N) ។ ការរៀបចំ pseudotype នីមួយៗត្រូវបានសម្អាតដោយ centrifugation នៅ 3,000 rpm នៅសីតុណ្ហភាពបន្ទប់ កំណត់បរិមាណដោយប្រើ HIV-1 Gag p24 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) ដែលត្រូវបានដកស្រង់នៅក្នុងសេរ៉ូម bovine ទារក 50% (Sigma-Aldrich) ហើយរក្សាទុកនៅ -80 °C រហូតដល់ ប្រើ។ ចំនួនផ្សេងគ្នានៃមេរោគ pseudotyped (កំណត់ដោយកម្រិតនៃប្រូតេអ៊ីន HIV-1 p24) ត្រូវបានគេប្រើដើម្បីឆ្លងកោសិកា HEK-ACE2 ហើយ 48 ម៉ោងក្រោយមក សកម្មភាពរបស់ firefly luciferase ត្រូវបានវាស់ដោយប្រើ Luciferase Assay Reagent (Promega) នៅក្នុង Glomax 96 Microplate ឧបករណ៍វាស់ពន្លឺ (Promega) ។
ការវិភាគអព្យាក្រឹត
ការពិនិត្យអព្យាក្រឹតនៃមេរោគ pseudotyped ត្រូវបានអនុវត្តយ៉ាងសំខាន់ ដូចដែលយើងបានពណ៌នាពីមុន12. ដោយសង្ខេប ការរំលាយសៀរៀលនៃសំណាកប្លាស្មា (1:4 ដល់ 1:8748) ត្រូវបានរៀបចំនៅក្នុង DMEM ជាមួយនឹងសេរ៉ូមស្បូនទារក 10% និង incubated ជាមួយ 5 ng នៃ p24 នៃមេរោគ pseudotyped នីមួយៗក្នុងអំឡុងពេល 1h នៅសីតុណ្ហភាព 37 °C ហើយបន្ទាប់មក 1×104 កោសិកា HEK-ACE2 ត្រូវបានបញ្ចូលទៅក្នុងអណ្តូងនីមួយៗ។ កោសិកា HEK293T (មិនបង្ហាញ ACE2) ដែលបង្កឡើងដោយមេរោគក្លែងក្លាយ (ត្រកូល A) ត្រូវបានគេប្រើជាការគ្រប់គ្រងអវិជ្ជមាន។ កោសិកាត្រូវបាន lysed 48 ម៉ោងក្រោយមក ហើយសកម្មភាព luciferase firefly ត្រូវបានវាស់ដោយប្រើ Luciferase Assay Reagent (Promega) នៅក្នុង Glomax 96 Microplate luminometer (Promega) ។ ភាគរយនៃអព្យាក្រឹតភាពសម្រាប់ការរំលាយនីមួយៗត្រូវបានគណនា ហើយ ID50 នៃគំរូនីមួយៗត្រូវបានគណនាដោយប្រើ GraphPad Prism កំណែ 9.0.1 ។
វិភាគស្ថិតិ
ការវិភាគស្ថិតិត្រូវបានអនុវត្តដោយប្រើកម្មវិធី GraphPad Prism កំណែ 9.1.2 ។ ការប្រៀបធៀបក្រុមជាច្រើនសម្រាប់ការបន្សាបអង្គបដិប្រាណ titers (NAbTs) ប្រឆាំងនឹងបន្ទះនៃមេរោគ SARS-CoV-2 pseudotyped ក៏ដូចជាការប្រៀបធៀបនៃការឆ្លើយតបរបស់ NAbs ដោយស្ថានភាពផ្លូវភេទ និងផ្សែងត្រូវបានអនុវត្តដោយប្រើការធ្វើតេស្តដែលបានចុះហត្ថលេខាលើ Wilcoxon ដែលបានផ្គូផ្គង។ ការផ្លាស់ប្តូរកត្តាត្រូវបានគណនាជាភាពខុសគ្នានៃតម្លៃមធ្យមធរណីមាត្រនៅក្នុងលេខសម្គាល់50 បើប្រៀបធៀបទៅនឹងមេរោគប្រភេទ Wild type pseudotyped ។ ការវិភាគទំនាក់ទំនងរវាង NAbTs និងអាយុ ឬ BMI ត្រូវបានអនុវត្តដោយប្រើការធ្វើតេស្តរបស់ Spearman ។ ការធ្វើតេស្តប្រៀបធៀបច្រើនដង ANOVA និង Tukey ត្រូវបានអនុវត្តសម្រាប់ការវិភាគស្ថិតិនៃការឆ្លងមេរោគ។ តម្លៃ p ≤0.05 ត្រូវបានចាត់ទុកថាជាស្ថិតិសំខាន់។
ការអនុម័តក្រមសីលធម៌
ពិធីសារសិក្សាត្រូវបានអនុម័តដោយគណៈកម្មាធិការសីលធម៌នៃមហាវិទ្យាល័យវេជ្ជសាស្ត្រនៅ Universidad de Chile (គម្រោង N° 0361-2021 និង N° 096-2020) និង Clínica Santa Maria (គម្រោង N°132604-21) ។ ម្ចាស់ជំនួយទាំងអស់បានចុះហត្ថលេខាលើការយល់ព្រមដែលបានជូនដំណឹង ហើយគំរូរបស់ពួកគេត្រូវបានអនាមិក។
ផលប៉ះពាល់នៃការផ្លាស់ប្តូរកើនឡើងនៅក្នុងវ៉ារ្យ៉ង់ Lambda លើការឆ្លង និងការធ្វើឱ្យប្រតិកម្មអង់ទីគ័រអព្យាក្រឹត
ការវិភាគនៃ 3695 លំដាប់ពីប្រទេសឈីលីដាក់នៅ GISAID គិតត្រឹមថ្ងៃទី 24 ខែមិថុនាth ឆ្នាំ 2021 បង្ហាញពីការត្រួតត្រាយ៉ាងច្បាស់លាស់នៃវ៉ារ្យ៉ង់ SARS-CoV-2 Gamma និង Lambda ក្នុងអំឡុងពេលគណនេយ្យត្រីមាសចុងក្រោយរួមគ្នាសម្រាប់ 79% នៃលំដាប់ទាំងអស់។
គួរឱ្យចាប់អារម្មណ៍ អំឡុងពេលនេះត្រូវបានកំណត់លក្ខណៈដោយយុទ្ធនាការចាក់វ៉ាក់សាំងដ៏ធំមួយដែលក្នុងនោះ 65.6% នៃប្រជាជនគោលដៅ (បុគ្គលដែលមានអាយុចាប់ពី 18 ឆ្នាំឡើងទៅ) បានទទួលគម្រោងចាក់ថ្នាំបង្ការពេញលេញគិតត្រឹមថ្ងៃទី 27 ខែមិថុនា។th 2021
ដោយសារ 78.2% នៃមនុស្សដែលត្រូវបានចាក់បញ្ចូលដោយគ្រោងការណ៍ពេញលេញបានទទួលវ៉ាក់សាំងការពារមេរោគ CoronaVac អសកម្មពី Sinovac Biotech យើងបានស្វែងរកការស៊ើបអង្កេតពីផលប៉ះពាល់នៃការផ្លាស់ប្តូរកើនឡើងដែលមានវត្តមាននៅក្នុងវ៉ារ្យ៉ង់ Lambda លើសមត្ថភាពអព្យាក្រឹតនៃអង្គបដិប្រាណដែលត្រូវបានទាញយកដោយវ៉ាក់សាំងនេះ។
ចំពោះបញ្ហានេះ យើងបានបង្កើតមេរោគក្លែងក្លាយប្រភេទ SARS-CoV-1 ដែលមានមូលដ្ឋានលើមេរោគអេដស៍-2 ដែលផ្ទុកប្រូតេអ៊ីនកើនឡើងពីត្រកូលយោង Wuhan-1 (ប្រភេទសត្វព្រៃ ត្រកូល A) ការផ្លាស់ប្តូរ D614G (ត្រកូល B) និងអាល់ហ្វា (ត្រកូល B ។ .1.1.7), ហ្គាម៉ា (ត្រកូល P.1) និង Lambda (ត្រកូល C.37) វ៉ារ្យ៉ង់។
ក្នុងអំឡុងពេលនៃការរៀបចំមេរោគ យើងបានសង្កេតឃើញជាប់ជាប្រចាំថាកោសិកាដែលឆ្លងមេរោគ pseudotyped ផ្ទុក Lambda spike បានបង្កើតតម្លៃ bioluminescence ខ្ពស់ជាងគួរឱ្យកត់សម្គាល់បើប្រៀបធៀបទៅនឹង D614G mutant ឬ Alpha និង Gamma variants ដែលបង្ហាញពីការកើនឡើងនៃការឆ្លងមេរោគដែលជំរុញដោយប្រូតេអ៊ីន Lambda spike
រូបភាព 1 ។ការឆ្លងមេរោគដែលសម្របសម្រួលដោយប្រូតេអ៊ីនកើនឡើងខុសៗគ្នា។
(ក) ការតំណាងតាមគ្រោងការណ៍នៃប្រូតេអ៊ីន SARS-CoV-2 និងវ៉ារ្យ៉ង់ដែលបានប្រើក្នុងការសិក្សានេះ។ ពូជពង្សត្រូវបានចង្អុលបង្ហាញនៅក្នុងវង់ក្រចក។ RBD, ដែនភ្ជាប់អ្នកទទួល, CM; កន្ទុយ cytoplasmic ។
(ខ) ការធ្វើត្រាប់តាមប្រភេទ pseudotypes នៃត្រកូលនីមួយៗ ដោយប្រើបរិមាណសមមូលនៃមេរោគអេដស៍-1 p24 ។ សកម្មភាព luciferase របស់ firefly ត្រូវបានវាស់ជា Relative luminescence units (RLU) នៅ 48 ម៉ោងក្រោយឆ្លងមេរោគ។ មធ្យម និង SD ត្រូវបានគណនាពីការពិសោធន៍បីដងតំណាង។
បន្ទាប់មក យើងបានប្រើមេរោគក្លែងក្លាយដែលបានរៀបរាប់ខាងលើ ដើម្បីធ្វើការវាយតម្លៃអព្យាក្រឹតដោយប្រើសំណាកប្លាស្មាចំនួន 79 ពីបុគ្គលិកថែទាំសុខភាពដែលមានសុខភាពល្អមកពី Universidad de Chile និង Clínica Santa María នៅ Santiago ប្រទេសឈីលី។
យើងបានដកចេញនូវគំរូចំនួន 4 ដោយសារយើងមិនអាចគណនាលេខសម្គាល់ ID50 បានទេ។ ពីគំរូដែលបានវិភាគ 73% ត្រូវគ្នាទៅនឹងស្ត្រី អាយុជាមធ្យម 34 ឆ្នាំ (IQR 29 - 43) និងសន្ទស្សន៍អតិបរិមា (BMI) នៃ 25 (IQR 22.7 - 27) ។ 20.5% នៃអ្នកចូលរួមបានប្រកាសថាជាអ្នកជក់បារីសកម្ម ខណៈពេលដែលរយៈពេលនៃការចាក់ថ្នាំបង្ការមានរយៈពេល។ គំរូត្រូវបានគេទទួលបានក្នុងរយៈពេលជាមធ្យម 95 ថ្ងៃ (IQR 76 - 96) បន្ទាប់ពីការចាក់លើកទី XNUMX នៃវ៉ាក់សាំង CoronaVac
យើងបានសង្កេតឃើញថា ការធ្វើអព្យាក្រឹតនៃមេរោគ pseudotyped ដែលផ្ទុកប្រូតេអ៊ីនប្រភេទ Wild spike បណ្តាលឱ្យមានការថយចុះ 50% inhibitory (ID50) មធ្យម titer នៃ 191.46 (154.9 – 227.95, 95% CI,) ខណៈពេលដែលវាគឺ 153.92 (115.68 – 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 – 163.2, 95%.104.57 CI), % CI ) និង 75.02 (134.11 – 95, 78.75% CI) សម្រាប់មេរោគក្លែងបន្លំដែលផ្ទុកប្រូតេអ៊ីនកើនឡើងពី D49.8G mutant ឬវ៉ារ្យ៉ង់ Alpha, Gamma និង Lambda រៀងគ្នា។
យើងក៏បានសង្កេតឃើញថាធរណីមាត្រមធ្យម titer នៃលេខសម្គាល់50 titers បានថយចុះដោយកត្តានៃ 3.05 (2.57 – 3.61, 95% CI) សម្រាប់មេរោគក្លែងក្លាយដែលផ្ទុក Lambda spike, 2.33 (1.95 – 2.80, 95% CI) សម្រាប់ការកើនឡើង Gamma, 2.03 (1.71CI) – 2.41% សម្រាប់ Alpha spike និង 95 (1.37 – 1.20, 1.55% CI) សម្រាប់ការកើនឡើង D95G បើប្រៀបធៀបទៅនឹងការកើនឡើងប្រភេទ Wild ។
គ្មានការជាប់ទាក់ទងគ្នារវាងភេទ អាយុ សន្ទស្សន៍ម៉ាសរាងកាយ (BMI) ឬស្ថានភាពផ្សែង និងការបន្សាបអង្គបដិប្រាណ titers ត្រូវបានគេសង្កេតឃើញនៅក្នុងក្រុមសិក្សារបស់យើង។
រូបភាព 2 ។ការវិភាគអព្យាក្រឹតដោយប្រើសំណាកប្លាស្មាពីវ៉ាក់សាំង CoronaVac
(ក) ការផ្លាស់ប្តូរនៅក្នុង titer អព្យាក្រឹត 50% ទៅវិញទៅមក (ID50) នៅក្នុងគំរូប្លាស្មាពីអ្នកទទួល 75 នាក់នៃវ៉ាក់សាំង CoronaVac ប្រឆាំងនឹង D614G (ត្រកូល B), អាល់ហ្វា (ពូជពង្ស B.1.1.7),
វ៉ារ្យ៉ង់ហ្គាម៉ា (ត្រកូល P.1) និង Lambda (ត្រកូល C.37) បើប្រៀបធៀបជាមួយវីរុសប្រភេទព្រៃ។ លទ្ធផលត្រូវបានបង្ហាញជាភាពខុសគ្នានៅក្នុង titers អព្យាក្រឹតនៃគំរូដែលត្រូវគ្នា។ តម្លៃ P សម្រាប់ការប្រៀបធៀបលេខសម្គាល់50 ត្រូវបានគណនាដោយការធ្វើតេស្តលេខសញ្ញា Wilcoxon ។
(ខ) ប្លង់ប្រអប់បានចង្អុលបង្ហាញជួរមធ្យម និងចន្លោះ (IQR) នៃលេខសម្គាល់50 សម្រាប់មេរោគ pseudotyped នីមួយៗ។ ការផ្លាស់ប្តូរកត្តាត្រូវបានបង្ហាញជាភាពខុសគ្នានៃ titer មធ្យមធរណីមាត្រនៅក្នុងលេខសម្គាល់50 បើប្រៀបធៀបទៅនឹងមេរោគប្រភេទ Wild type pseudotyped virus។ ការវិភាគស្ថិតិត្រូវបានអនុវត្តដោយប្រើ Wilcoxon matched-pairs signed-rank test។
ជាមួយគ្នានេះ ទិន្នន័យរបស់យើងបានបង្ហាញឱ្យឃើញថា ប្រូតេអ៊ីនកើនឡើងនៃប្រភេទ Lambda ដែលត្រូវបានទទួលស្គាល់ថ្មី ដែលកំពុងចរាចរយ៉ាងខ្លាំងនៅក្នុងបណ្តាប្រទេសឈីលី និងអាមេរិកខាងត្បូង ផ្ទុកនូវការផ្លាស់ប្តូរដែលផ្តល់ការបង្កើនការឆ្លង និងសមត្ថភាពក្នុងការគេចផុតពីការបន្សាបអង្គបដិប្រាណដែលត្រូវបានទាញយកដោយ CoronaVac ។
